Kjærlighetens klovner utspiller seg i 1600-tallets Frankrike, der hekseprosesser, kongedrap og religiøs fanatisme råder grunnen.
Omstendighetene tvinger den unge skuespilleren og linedanseren Juliette til å søke tilflukt i det avsidesliggende klosteret Sainte Marie-de-la-Mer.
Som Søster Auguste skaper Juliette et nytt liv for seg og den lille datteren Fleur, under abbedissens velvillige formynderskap.
Men nye tider er i emning. Drapet på kong Henrik IV blir starten på store omveltninger for Frankrike, og snart når forandringene klosteret.
Den gamle abbedissen dør, og med ett blir Juliettes tilværelse snudd på hodet.
Situasjonen blir enda mer tilspisset da den nye abbedissen Isabelle, en ungpike fra en gammel adelsslekt, ankommer klosteret. Med seg har hun den forkledde presten Guy LeMerle en mann Juliette har all grunn til både å hate og frykte.
Under LeMerles sterke innflytelse blir hemmeligheter avslørt, lidenskaper sluppet løs og gamle konflikter forsterket.
Og da et mord ryster klosteret, begir Juliette og LeMerle seg inn i en kamp på liv og død . . .