Ruby mister venner fort …! Hvorfor vil Sapphire aldri se ham igjen? Og hvorfor har en av Rubys Pokémon stukket av?
Samtidig er Hoenn-regionen på randen av ødeleggelse når to Legendariske Pokémon barker sammen på havets dyp … men hvordan skal våre helter nå ned til dypet for å prøve å stoppe kaoset i å spre seg?
Og om ikke det var nok, ser det ut som Team Aqua og Team Magma tilsynelatende er blitt alierte - hvordan skal dette gå?!