De fire vennene, løven Alex, sebraen Marty, sjiraffen Melman og flodhesten Gloria, lever herrens glade dager i New York Zoo. I hvert fall i følge Alex som er hovedattraksjonen. Marty klarer derimot ikke å la være å tenke på at det kan være mer spennende ting der ute. En dag stikker han av, og de tre vennene blir ufrivillig med på lasset. Det samme gjør de psykotiske pingvinene. Det viser seg at fire ville dyr på Manhattan ikke går så bra, og til slutt befinner alle seg på en fraktebåt på vei til et reservat i Afrika. Igjen griper pingvinene inn og gjør mytteri, og under tumultene blir vennene skyllet i land på Madagaskars strender. Et liv i zoo har ikke akkurat forberedt dem på livet i jungelen, og her venter det både mange farer, nye oppdagelser og testing av vennskap
