Visser Tre prøver fortsatt å finne pemalittskipet, skipet som ligger gjemt mange hundre meter under havets overflate. Et skip med så avansert teknologi at det til og med overgår andalittenes. Denne gangen vil Visser Tre finne skipet for å bruke det til å fullføre invasjonen av jorda.
Jake, de andre dyremorferne og Ax tilegner seg de nødvendige morfene for å stanse visserens planer. Men under forsøket på å ødelegge jerkenes ubåt, gjør de en skremmende oppdagelse - en ukjent undersjøisk sivilisasjon. Har dyremorferne funnet Atlantis - eller er det bare en ny felle?