De er små, de er tøffe og de får underverdenen til å skjelve av skrekk: De er SMÅSPIONER! Junior og Carmen er barna til verdens beste spioner. En dag får de sitt livs oppdrag når foreldrene deres, Gregorio og Ingrid, blir kidnappet av den gale skurken Fegan Floop. Han planlegger å utnytte spionkunnskapene deres for å skape en armé av onde og smarte roboter som skal erobre verden.